Für die Gewinnung des Tiefenwassers zur Energierzeugung in Geothermieanlagen gelten die strengen Bestimmungen des Wasserrechts. Das bedeutet, dass eine Geothermiebohrung wasserrechtlich den gleichen strengen Bedingungen unterliegt wie eine klassische Grundwasserbohrung zur Trinkwassergewinnung.
Dies kommt in vielfältiger Hinsicht zum Ausdruck. Allein schon die Struktur des Bohrplatzes schützt im Bereich um die jeweilige Bohrung großflächig gegen das Eindringen von wassergefährdenden Stoffen in den Untergrund. Jeder Bohrplatz hat zwingend zwei Sicherheitsbereiche, um Wässer und Flüssigkeiten, die im Rahmen der Bohrarbeiten anfallen, aufzufangen und fachgerecht zu entsorgen.
Vor Beginn einer Bohrung werden Standrohre bis in die grundwasserstauenden Schichten, in der Regel bis in Tiefen von 70 bis 80 Metern, gesetzt und einzementiert. Sie schützen den Grundwasserbereich um die jeweilige Bohrung vor Verunreinigungen. Die Bohrarbeiten finden ausschließlich innerhalb des Stahlmantels des Standrohrs statt.
Für die Bohrung verwendet das Bohrteam eine spezielle Bohrspülung. Diese besteht aus Spülungsmaterialien der Wasserschutzklasse 1. Das Bergamt, das Landesamt für Umwelt und das Wasserwirtschaftsamt prüfen in einem umfassenden Genehmigungsverfahren alle verwendeten Stoffe auf deren Umweltverträglichkeit. Zum Einsatz kommen Stoffe wie bspw. Pottasche (Kaliumkarbonat), biologisch abbaubare Zuckerverbindungen (sogenannte Biopolymere, vergleichbar mit Mondamin) oder Zitronensäure. Die Bohrspülung ist notwendig, um den Bohrmeißel anzutreiben, das bei der Bohrung entstehende sog. "Bohrklein" an die Oberfläche zu spülen und die Bohrlochwand zu sichern, bis die Stahlrohre eingebaut und zementiert werden.
Nach Abschluss der Bohrarbeiten folgen umfangreiche Tests und Untersuchungen, um einen hohen technischen Zustand jeglicher Installationen sicherzustellen, eine konstante Flussrate sowie die Temperatur des Tiefenwassers zu überprüfen und eine bescheidskonforme Wasserqualität sicherzustellen. Auch während des Betriebs muss diese regelmäßig nach Vorgaben der Bergbehörde überprüft werden. Etwaige Veränderungen in der Zusammensetzung des Tiefenwassers können die Betreiber und Behörden so frühzeitig erkennen und beheben.
Die strenge Überwachung der Erfüllung der Auflagen nach dem Berg- und Wasserrecht sowie die hoch professionellen Bohrunternehmen sind der Grund dafür, dass bei fast 100 tiefengeothermalen Bohrungen in Süddeutschland bisher keinerlei Grund- oder Trinkwasserverunreinigungen aufgetreten sind.